뒤에 교육을 통한 교회의 내실화에 역점을 두어 1898년 교회안에 교인자녀 교육을 위한 남녀 초등교육기관인 영신학교를 설립해 운영하였는데, 그 경비의 반은 새문안 교인들이 부담하였고 , 안창호는 선생으로 3년간 근무하였으며 그 후, 경신 중 .고등학교의 모습을 갖기에 이른다. 고아원학교의 초창기 학생으로는 송순명 . 김규식이 있었으며, 민족운동가 안창호도 2년간 수학하였다.
이처럼 고아원에서 출발한 학교의 신식교육이 교인 자녀를 교회와 사회의 지도자로 길러내어 큰 성과를 얻은 한편 목회자 전도인 양성을 위한 신학교육이 또한 새문안교회에서 시작되었다.

뒷줄 좌편부터 서병호, 김 일, 김규식, 원한경

1901년 평양에 장로회신학교가 정식으로 설립되었으나, 이미 1889년에 새문안교회에서는 신학반 형태의 신학교육이 언더우드 목사 주관하에 시작되었다. 또 새문안교회는 일찍부터 여성교육을 시작하였다. 1886년에 여의사 엘러즈가 여자아이 한명을 데리고 학교를 시작하였고, 이어 언더우드목사의 부인인 호튼과 헤이든이 이 일을 맡아 보다가, 1809년 여선교사 도티가 제대로 학교 형태를 꾸려나갔고, 1895년 이 학교가 정동에서 연동으로 옮겨 오늘의 정신여자 중 . 고등학교가 된 것이다.

언더우드목사의 마지막 숙원사업이었던 대학설립은 우여곡절 끝에 1915년 3월 5일 조선기독교 대학으로 개교되었고 후일 연세대학교가 된다.

봉사활동: 1895년 여름 콜레라가 전국을 휩쓸었다. 동학농민전쟁과 청일전쟁을 겪은 후에 전염병이 창궐한 것이다. 따라서 서울 장안의 많은 사람들이 죽어 나갔고, 서대문 밖에는 병에 전염된 환자들이 방치된 채 죽음을 기다리고 있었다. 이때 선교사들은 한국 정부의 지원을 받아 서대문 밖에 진료 수용소를 마련하고 환자들을 데려다 치료하였다. 의사 선교사인 애비슨과 웰즈가 진료소 책임을 맡았고 언더우드 부부는 이 일을 도왔다.